Ruhr-Universität Bochum

Postdoc (m/f/d) 1 year 39,83 h/w Phosphoproteomics

Online seit
04.05.2020 - 07:23
Job-ID
BO-2020-03-19-306913
Kategorie

Beschreibung

Ruhr-University Bochum (RUB) is one of the leading research universities in Germany. As a reform-oriented campus university, it uniquely combines the entire range of the major scientific disciplines in one place. The dynamic coexistence of disciplines offers researchers and students alike special opportunities for interdisciplinary cooperation.

The Medizinsches Proteom-Center, headed by Prof Dr. Katrin Marcus is a leading institute for proteome analytics. Liquid chromatography coupled to mass spectrometry (LC-MS/MS) as well as innovative bioinformatics are used to address medical research questions and basic research problems of life sciences.

The working group Clinical Proteomics under the direction of Prof. Dr. Barbara Sitek develops analytical strategies to approach clinical research questions with the focus to identify novel disease-associated proteins and unravel pathophysiological molecular mechanisms on the proteome level. Within a collaborative project with the Department of Molecular Gastrointestinal Oncology (Prof. Dr. Stephan Hahn, Ruhr-University Bochum) we will investigate the molecular mechanism of secondary resistance towards anti-EGFR targeted therapy in colorectal cancer. To this end, we will study sensitive and secondary resistant tumors from a patient-derive xenograft (PDX) model using quantitative proteome and phosphoproteome analysis. To achieve a comprehensive (phospho-) proteome coverage the samples will be pre-fractionated using offline high pH-RPLC. Phosphopeptides will be enriched using TiO2 affinity chromatography and tandem mass tags (TMT) will be used for quantification. The subsequent LC-MS3 analysis will be performed using an Orbitrap Fusion Lumos instrument.

 

Die Ruhr-Universität Bochum (RUB) ist eine der führenden Forschungsuniversitäten in Deutschland. Als reformorientierte Campusuniversität vereint sie in einzigartiger Weise die gesamte Spannbreite der großen Wissenschaftsbereiche an einem Ort. Das dynamische Miteinander von Fächern und Fächerkulturen bietet den Forschenden wie den Studierenden gleichermaßen besondere Chancen zur interdisziplinären Zusammenarbeit.

Das Medizinische Proteom-Center (MPC) unter der Leitung von Prof. Dr. Katrin Marcus ist eines der führenden Institute für die Proteom- und Proteinanalytik. Mit Hilfe von Chromatographie-basierten Trenntechniken und nachfolgender Massenspektrometrie (LC-MS/MS) sowie mittels innovativer Bioinformatik werden hier Fragestellungen aus allen Bereichen der Medizin, wie auch aus dem naturwissenschaftlichen Grundlagenbereich bearbeitet.

Die Arbeitsgruppe Clinical Proteomics unter der Leitung von Prof. Dr. Barbara Sitek beschäftigt sich mit der Entwicklung und Anwendung von Verfahren zur Bearbeitung klinischer Fragestellungen mit dem Fokus, krankheitsspezifische Proteine zu identifizieren sowie pathologische Zusammenhänge auf Proteinebene aufzuklären. Im Rahmen eines Kooperationsprojektes mit der Abteilung für Molekulare Gastroenterologische Onkologie (Prof. Dr. Stephan Hahn, Ruhr-Universität Bochum) sollen Resistenzmechanismen bei EGFR-gerichteter Therapie des kolorektalen Karzinoms untersucht werden. Hierzu sollen sensitive und sekundärresistente Tumore aus einem Patient-derived Xenograft (PDX) Model mittels LC-MS/MS auf Proteom- und Phosphoproteomebene charakterisiert und Mechanismen der Sekundärresistenz abgeleitet werden. Um hierbei eine möglichst vollständige Abdeckung des Proteoms und Phosphoproteoms zu erreichen, sollen die Proben vor der Analyse mittels offline high-pH-RPLC fraktioniert werden. Die anschließende Anreicherung der Phosphopeptide erfolgt mittels TiO2-Affinitätschromatographie während zur Quantifizierung der Proteine und Phosphopeptide Tandem-Mass-Tags (TMT) verwendet werden. Die abschließende LC-MS3 -Analyse erfolgt auf einem Orbitrap Fusion Lumos Instrument.

Anforderungsprofil

Your profile:

  • PhD in biology, biochemistry, chemistry, pharmacy or a comparable discipline.
  • Experience in quantitative proteome analysis using LC-MS/MS.
  • Very good knowledge of protein analytical methods and liquid chromatography.
  • Preferably, experience with tandem mass tags (TMT) or a comparable quantification approach.
  • Ideally, experience in phosphoproteomics and knowledge of the corresponding analytical concepts.
  • Ideally, experience with the molecular analysis of secondary resistance in tumorous diseases.
  • Sound knowledge of proteomics software and statistical methods.
  • Fluent English.

What we offer:

  • Working in a young and dynamically developing team.
  • Excellent instrumentation (Orbitrap Fusion Lumos, Q Exactive HF and others).
  • Working on a highly relevant research question and making use of state-of-the-art analytical strategies (e.g. MS3 analysis).
  • Gaining practical experience in a broad variety of proteomics methods.
  • The opportunity to start an academic career in proteomics.

Travel expenses for interviews cannot be refunded.

At the Ruhr-University Bochum, we particularly want to promote the careers of women in those areas in which they are underrepresented, and are therefore very pleased to welcome female applicants. We also welcome applications from suitable severely disabled and equal opportunities applicants.

Ihr Profil:

  • Abgeschlossenes Hochschulstudium mit Promotion im Fachbereich Biologie, Biochemie, Chemie oder Pharmazie.
  • Erfahrung im Bereich der quantitativen Proteomanalyse mittels LC-MS/MS
  • Sehr gute Kenntnisse proteinanalytischer und chromatographischer Methoden.
  • Bevorzugt Erfahrung mit Tandem-Mass-Tags (TMT) oder vergleichbaren Quantifizierungsstrategien.
  • Idealerweise Erfahrung im Bereich der Phosphoproteomanalyse und Kenntnisse gängiger Analysestrategien.
  • Idealerweise Erfahrungen in der Analyse von Resistenzmechanismen von Tumorerkrankungen.
  • Sehr gute Kenntnisse Proteomics Auswerte-Software und statischer Methoden.
  • Sehr gute Englischkenntnisse.

Unser Angebot:

  • Mitarbeit in einem jungen, sich dynamisch entwickelnden Team.
  • Eine exzellente instrumentelle Ausstattung (u.a. Orbitrap Fusion Lumos, Q Exactive HF).
  • Bearbeitung einer hochrelevanten Fragestellung unter Verwendung modernster Analysestrategien (z.B. MS3-Analyse)
  • Praktische Durchführung eines breiten Spektrums proteomanalytischer Methoden.
  • Die Möglichkeit zum Start einer akademischen Karriere im Bereich Proteomics.

 

Bitte senden Sie Ihre Bewerbungsunterklagen bis zum 31.05.2020 als eine PDF-Datei an barbara.sitek@rub.de.

Fahrtkosten, Übernachtungskosten und der Verdienstausfall für Vorstellungsgespräche werden nicht erstattet.

Wir wollen an der Ruhr-Universität Bochum besonders die Karrieren von Frauen in den Bereichen, in denen sie unterrepräsentiert sind, fördern und freuen uns daher sehr über Bewerberinnen. Auch die Bewerbungen geeigneter schwerbehinderter und gleichgestellter Bewerber und Bewerberinnen sind herzlich willkommen.

Kontaktdaten

Ansprechpartner
Frau Prof. Dr. Barbara Sitek
Einsatzort
Universitätsstr.
150
44801 Bochum
Deutschland
Telefon
+49 234 3224362
E-Mail

Art der Beschäftigung

Vollzeit

Weitere Informationen

Institut / Einrichtung
Medizinisches Proteom-Center
Zeitraum der Beschäftigung
1 Jahr, ab dem 01.08.2020
Bewerbungsfristende
Sonntag, 31. Mai 2020 - 23:59

Vergütung

TV-L E 13